通风柜的排风系统可分为集中式和分散式两种。集中式是把一层楼面或几层楼面的的通风柜组成一个系统，或者整个实验楼分成一二个系统。它的特点是通风机少，设备投资省，而且对通风柜的数量稍有增减，以及位置的变更，都具有一定的适应性。然而由于系统较大，风量不易平衡，尽管每个通风柜上都装有调节阀，但使用不方便，并且也不容易达到预定的效果。如果系统风管损坏需要检修时，那么整个系统的通风柜就无法使用。所以，原来采用集中式系统的实验室，先后都改为用分散式系统。
分散式是把一个通风柜或同房间的几个通风柜组成一个排风系统。他的特点是：可根据通风柜的工作需要来启闭通风机，相互不受干扰，容易达到预定的效果，而且比集中式节省能源，因为集中式系统，只要一个通风柜在使用，就得开动大通风机。分散式由于系统小，排风量也小，阻力也小，所以通风机的风量、风压都不大，躁声与振动相应也较小。分散式还有一个特点，是对排出不同性质的有害气体易于处理。缺点是通风机的数量多、系统多，如果通风机集中于通风机房内，那么投资就会增大，如果通风机分散布置，而且就地安装，虽然通风机的投资增加，但风管的投资可节省，最后总投资不一定增大。建议使用分散式。 在划分系统时，同一个房间内如有两个以上的通风柜，应划为一个系统，避免一个通风柜在使用，其他的通风柜产生倒流，使室内受到污染。同样，一个房间内除了一个排风系统外，不宜再装置其他排风设备。
工厂实验室排风系统的通风机，一般都装在屋顶上，或顶层的通风机房内，这样可不占用使用面积，而且使室内的排风管道处于负压状态，以免有害物质由于管道的腐蚀或损坏，以及由于管道不严密而渗入室内，此外，通风机安装在屋顶上或顶层的通风机房内，检修方便，易于消声或减振。
排风系统有害物质排放高度应按现行的《工业企业设计卫生标准》和《工业三废排放标准》执行。在一般情况下，如果附近五十米以内没有较高建筑物时，排放高度应超过建筑物最高处两米以上。
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