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PCR 实验（experiment)室依据所使用的方法可分为试剂准备、标本制备、扩增、产物分析(Analyse)等三或四个区域。只是使用实时荧光PCR仪、HIV病毒载量测定仪的PCR实验室，有上述前面三个区域即可。各区域应完全独立分隔，不应有任何的空气直通。
2标准的PCR实验（experiment)室产物分析(Analyse)区或三个区域的最后一个区域（即扩增及产物分析(Analyse)区），空气流向应由室外向室内，可通过在室内设置通风橱、排风扇或其他排风系统达到空气流由室外向室内流动的要求。
PCR实验（experiment)室根据使用仪器（appliance）的功能合理设置各个工作区域，如采用聚合酶(Enzyme)联反应：则设置试剂储存和准备区、标本制备区、扩增区、扩增产物分析(Analyse)区四个单独的工作区域，这是最常用的分区方式。洁净实验室无菌试验室、生物安全实验室必须保证人身安全、环境安全、废弃物安全和样本安全，能长期而安全地运行，同时还为需要实验室工作人员提供一个舒适、而良好的工作环境。样品需要粉碎处理的，还需增设样品粉碎区；若使用实时荧光PCR法：基因扩增区、基因产物分析区可以合并在一个房间内；采用标本处理、核酸提取及扩增检测为一体的全自动化PCR分析仪，则标本制备区、扩增区、扩增产物分析区可合并为一个区域，因此PCR实验室原则上设置五个区或四个区或三个区或二个单独的工作区。
核酸扩增前区和核酸扩增后区可设在一个房间内，但必须在满足下列要求的前提下：
a.核酸扩增前区实验（experiment)室内设置两个不同位置（position )的实验区，试剂配置(deploy)在超净工作台中操作，样品处理在生物安全柜内操作。
b.在核酸扩增后区使用全封闭的扩增和检测系统，如实时荧光PCR仪等。洁净实验室无菌试验室、生物安全实验室必须保证人身安全、环境安全、废弃物安全和样本安全，能长期而安全地运行，同时还为需要实验室工作人员提供一个舒适、而良好的工作环境。
c.每个实验（experiment)人员使用各自的试剂、耗材、移液器和盛放污染物的盛器。
d.在实验（experiment)前后对操作区域和共享器具进行清洁及消毒。净化实验室必须控制实验室的洁净度，对新风进行过滤，使实验室达到一定的净化要求。其中排风系统是重点，对于保证实验室相对负压环境和有效过滤室内污染排风起着重要的作用。
e.各区域的试剂、器具、仪器（appliance）和设备为该区专用，不得交叉使用。
