1、试剂贮存和准备区
试剂贮存和准备区域，主要用于储存反应试剂、试剂的分装以及混合反应体系，应包括以下配套设施：4℃冰箱及-20℃冰箱，混匀器、微量加样器（1μL～1mL)，还要有一次性手套、吸水纸、高压灭菌后的一次性吸头和必要的办公用品，比如记录本及标记笔。当储存的试剂经检验可以用于诊断鉴定后，应立刻分装保存，避免多次开启而造成试剂污染。另外，为了防止有害气体（比如DNA提取过程产生)对人体造成伤害，有必要安装通风橱柜，以保证操作者的人身安全。2、标本制备区
标本制备区主要用于临床标本的保存，核酸（RNA、DNA)提取、贮存及其加入至扩增反应管。需要配备以下主要仪器和物品：4℃冰箱，-20℃冰箱或-80℃冰箱，混匀器、低温高速离心机，恒温水浴箱、微量加样器（1μL～1mL)、生物安全柜、一次性手套、吸水纸、耐高压处理的离心管和加样器吸头和必要的办公用品。由于标本的特殊性，需要设定保护装置，防止人员流动带动气体流动造成的污染，可以在这个区域内配备正压力循环系统。另外，由于在这个区域内接触患者的DNA或者RNA样本的吸头、容器较多，处于安全性考虑，需要配备专门的消毒容器，以销毁剩余的患者样本。
3、扩增区
这个区域的实验操作，主要集中在DNA样本或者cD-NA的扩增方面，另外，已经准备好的DNA模板、其它反应体系溶液的配置，也可以在这个区域内进行。这个区域需要配备以下实验用仪器设备和物品，比如PCR扩增仪、微量加样器（1μL～1mL)、一次性手套、耐高压处理的离心管和加样器吸头（带滤芯)。
4、扩增产物分析区
基因诊断扩增的产物需要在这个区域内进行分析测定，不同的实验室可能采用不同的样品检测分析方法，但基本仪器相同，包括：微量加样器（1μL～100μL)、一次性手套、吸水纸、高压灭菌后的一次性吸头（带滤芯)以及必要的办公用品。
根据使用仪器的不同功能，有的区域也可适当合并。例如使用实时荧光PCR仪，扩增区、扩增产物分析区可合并；采用样本处理、核酸提取及扩增检测为一体的自动化分析仪时，则标本制备区、扩增区、扩增产物分析区也可合并。
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