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分子生物实验室设计，应考虑以下原则：对有生物危险性的P3实验室，要做成负压，以防止微生物污染的外逸。因此它不仅要求除菌、更要进行隔离处理。隔离方式一般采用一次隔离和二次隔离。一次隔离就是病原体和实验者之间的隔离，是以防止实验人员被感染为目的的。主要用生物安全柜和罩式防护衣方式。
为了防止病原体从实验室漏到外部环境中，而把实验室和外界隔断，即是二次隔离。二次隔离就是实验室和外界之间的隔离，是以防止实验室外的人被感染为目的的。
污染传播的主要途径是气溶胶的扩散和对病原体的直接接触。特别是前者，仅仅靠改善操作方式是不能解决的，一般采取在隔离区和维持区之间建立气压差和对排风进行灭菌处理两种方法。
隔离区（P3实验室）应维持压差（负压）一般为-20～-50Pa，使维持区到隔离区造成定向气流。在气压不同区域之间设有气闸室，它的两边设有联锁的门，一边开时，另一边关闭，以维持压差。
整个P3实验室区域的室内压差等级从低到高依次是：P2生物安全柜
2、人流、物流合理，做到不交叉污染，应有实验室门禁管理制度，仅限于预先被告知危险性、并经过特殊培训的工作人员及支援人员能够进出。并贴有警告标志及生物性危险标志。
由于该P3实验室小，又不经常使用。主要做到人流与物流的分开，污染物品与洁净物品的分离。即： 2.1人流方向：
入：走廊—更鞋、一次更衣—二次更衣--气闸室— P3实验室 出：P3实验室—气闸室—淋浴---更衣、更鞋—走廊； 2.2物流方向：
洁净物品或不能进行灭菌物品从双面互锁结构传递窗入P3实验室；需灭菌物品从双门传递灭菌器，或密封后经传递窗入，再经高压灭菌器灭菌后进入P3实验室；在传递窗下方设消毒渡槽，对某些不能高压灭菌物品可通过盛有消毒液的药液传递窗传递，使容器外侧受到灭菌处理。污染物品、实验后器械应置于耐用、防漏密闭的容器中，经高压灭菌后才可废弃。实验人员淋浴后一次性衣物，应装入密闭胶袋后，经传递窗到灭菌器中处理后废弃。#p#分页标题#e#
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