生物安全实验室空调净化系统的划分应根据操作对象的危害程度、平面布置等情况经技术经济比较后确定，应采取有效措施避免污染和交叉污染。空调净化系统的划分应有利于自动控制系统的设置和节能运行。二级生物安全实验室可以采用带循环风的空调系统。如果涉及化学溶媒、感染性材料操作和动物实验，则应采用全排风系统。三级和四级生物安全实验室应采用全新风系统,且送、排风总管应安装气密阀门。污染区和半污染区内不得安装普通的风机盘管机组或房间空调器。
生物安全实验室通风系统设计：
在设计排气管路系统时，可以选择独立管路系统或分歧管路（Manifold）系统，独立的排气系统有单一的风管、风机、排放烟囱和单一的空气处理设备，这样的设计简单且容易达到压力平衡，但所花费的成本较高，每一个污染控制设备就要一套独立的排气系统，为了避免风机在使用的时候故障影响实验的进度，通常都会有两台风机，一台备用，如此一来，有两个污染控制设备就必须要有四台风机，风机的数量增加会占用的建筑物较大的空间；相反地，分歧管路排气系统就含有很多分歧的次要管路，每一个分支管路都会汇入单一的主风管，主风管后面可以串连多个风机来控制需求风量。与前述比较，两个污染控制设备只需要三台风机串联即可，其中一台为备用风机，每台平时运转三分之二的风量来维持设备排气正常，当有一台故障时可将其它两台风量提升至满载，实验中断的可能性大幅降低。至于为什么备用风机平日仍须维持一定的运转呢？主要是避免风机因闲置太久而机械零件故障，保持一定的运转可以确保备用风机的稳定度与可靠度均正常。分歧管路系统的优点是节省空间和初设成本的支出，但缺点是整个系统的压力平衡和风量控制变得较为复杂且困难，需要专业人员经过详细的评估与计算才行，而不是随意找人施工即可。
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