伴随着的病理实验室中产生的废气、废液以及医疗垃圾等有害物质的排放、环境污染和防火等问题同样受关注。加强实验室废气、废液和医疗垃圾等的排放、收集和处理等规范和管理工作，有利于改善工作环境，避免环境污染，维护公共安全和保障实验室工作人员的身体健康。
病理实验室建设之环境设计：病理实验室的工作区域主要分为污染区、半污染区和非污染区，这些区域应明确分开做到既相互联系又互不干扰和污染。
（1）污染区：污染源主要是临床送检的标本和属于危险品的化学试剂。接收送检的标本的收发室、取材室、储存室、冰冻切片制作室、细胞学涂片制作室和尸 检解剖室都属于污染区，应安装紫外灯等消毒装置，每天进行消毒；安装良好的通风设施，将甲醛等有害废气排出。
（2）半污染区：污染源主要属于危险品的化学试剂。制片技术室包括组织处理实验室、组织包埋实验室、石蜡组织切片室、HE染色和其他染色实验室以及一些相关技术实验室、病理诊断室、组织切片和蜡块储存室、大体标本制作室和陈列室等属于半污染区，应安装良好的通风设施，将有害废气排出。
（3）非污染区：非污染区不应有生物性和化学性的污染物存在，但也应该安装良好的通风设施，保持室内空气新鲜。（文字档案室、摄影室、办公室和休息室等属于非污染区）
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